Munin n'est pas un service, pour l'arrêter il n'est donc pas possible de faire un service munin stop.
Il s'agit d'une tâche CRON, accessible à /etc/cron.d/munin où l'on voit qu'il est exécuté toutes les 5 minutes. On peut changer le timing (on voit qu'il y a une deuxième instruction pour tuer munin si ça fait trop longtemps qu'il mouline), ou carrément renommer le fichier en munin.disabled.
Il faut ensuite aller faire un tour dans /usr/bin/munin-cron pour y voir ce qui y est demandé. Il faut que j'ajoute une condition pour ne générer l'HTML et le Graph que toutes les 15 minutes ou 30 minutes, histoire de soulager mon RBPi.